呼吸衰竭的治疗是一个以吸氧、解痉祛痰、应用呼吸兴奋剂、抗感染、处理并发症等为主的综合性措施。当然，根据患者的不同情况，临床上应有所侧重。
呼吸衰竭患者多数存在呼吸道感染，出现支气管粘膜水肿、充血、分泌物增多，加重通气阻塞和换气障碍。因此，控制感染是治疗呼吸衰竭中一项很重要的措施。尽管部分慢性呼吸衰竭患者的呼吸道感染并不严重，但由于原来基础疾患使肺功能的代偿失常，因此，轻微感染亦可导致失代偿而出现严重症状。可见使用抗生素要不失时机，有的放矢，把握指征，合理应用。实践证明，改善呼吸功能，清除呼吸道分泌物，可使呼吸衰竭患者抗感染疗效大大提高。在选药之前，最好先进行痰液细菌培养及药物敏感试验。应用2种以上敏感的抗生素，使其产生协同的抗菌效果，才能使呼吸衰竭患者的感染得以及时控制。条件较差的医疗单位，若不能作细菌培养和药敏试验，可首先弄清是院内感染或院外感染。院外感染多数是革兰阳性细菌引起;院内感染多数是革兰阴性细菌引起。临床再结合病因，痰液性状，发热类型，肺部阴影形态结构进行综合分析后，进行试验性治疗，待实验检查证实病原菌后再作调整。总之，要通过各种手段(包括抗生素的超声雾化吸入)及时有效地控制感染，才能使呼吸衰竭患者由危转安。否则，感染进一步加重，气道阻塞，通气功能严重障碍，呼吸衰竭将进行性加重而危及生命。