正常人体对真菌有较强的抵抗力，因此肺真菌病并不常见。当机体抵抗力下降，口腔不卫生或由于生活和环境的关系，与大量存在的真菌有较多接触时，可发生真菌性肺炎。常见的有念珠菌肺炎、肺曲真菌病、肺隐球菌病、肺组织胞浆菌病、球抱子菌病、毛真菌病、肺放线菌病、肺奴卡菌病。
近年来由于大量广谱抗生素的使用，体内敏感的细菌被抑制后，不敏感的细菌包括某些真菌得以繁殖致病。肾上腺皮质激素、免疫抑制药物、抗癌药物、放射治疗等引起机体免疫功能的破坏及功能失调，也给真菌的生长繁殖提供了有利条件。75%的真菌性肺炎继发于严重疾病的末期，如恶性肿瘤、白血病、严重感染、糖尿病、肺结核、尿毒症、烧伤、营养不良;而气管插管使用家用呼吸机辅助呼吸、皮肤粘膜损伤等亦给真菌的生长繁殖提供了有利条件。
当病人有上述“机会感染”的因素存在时，于是真菌乘虚而入，引起机体发生相应病理变化，如念珠菌导致肺组织形成肉芽肿、化脓灶，严重的急性播散病变发生凝固性坏死性改变。肺真菌导致肺支气管炎伴变态反应，其菌丝阻塞支气管后可导致肺不张。临床上出现咳嗽、咳痰、咯血、气急、紫给、呼吸困难、胸痛、发热，胸壁有脓窦形成，胸腔产生积液等改变。严重者影响通气及换气功能并导致呼吸衰竭发生。
真菌性肺炎，可以导致呼吸衰竭的另一个原因是目前尚无特效的理想治疗药物，一些药物副作用较多。因此，本病应引起人们的足够重视。