（一）治疗目的
1.通过改善呼吸驱动调节，减少呼吸功耗，减轻呼吸肌疲劳等方法，改善患者清醒及睡眠时二氧化碳分压，以纠正酸碱平衡失调。
2.通过消除夜间睡眠呼吸暂停，改善肺泡通气，改善肺泡/血流比例，防止低氧血症。
3.通过减少睡眠片断，提高睡眠质量，减轻白天嗜睡，改善生活质量。
(二)治疗方法
1.无创正压通气治疗由于肥胖低通气综合征与阻塞性睡眠呼吸暂停合并率非常高，治疗目的包括纠正患者白天通气不足状况和消除夜间呼吸暂停。
无创正压通气治疗由于其有效性及无创性，正逐步成为肥胖低通气综合征和睡眠呼吸暂停的首选治疗。其基本治疗原则如下:
(1)对于急性失代偿期肥胖低通气综合征患者，清醒状态下紧急使用无创通气，以提供通气支持，可有效防止病情恶化。
(2)对于慢性失代偿的患者，需要进行夜间多导睡眠仪监测，以评估患者睡眠相关呼吸紊乱的类型和程度，并可根据病情确定是否使用无创通气。
呼吸机持续正压通气（continuous positive airwaypressure, CPAP)可以有效解除夜间睡眠时上气道塌陷，改善肥胖低通气综合征患者肺泡通气不足。很多文献报道，长期的夜间呼吸机治疗可使肥胖低通气综合征患者清醒时的血氧饱和度恢复正常。其可能的机制包括:减轻呼吸肌疲劳、通过解除夜间呼吸窒息和睡眠片断增强中枢呼吸驱动调节。有作者报道，在最初治疗两周内，可观察到患者高碳酸通气应答反应呈进行性改善。
呼吸机可以有效治疗由于肥胖低通气综合征导致的失代偿性呼吸性酸中毒，有效逆转酸中毒导致的神经系统症状和高碳酸性酸中毒，减少气管切开比例。
呼吸机治疗肥胖低通气综合征的缺点:并非所有的肥胖低通气综合征患者能够耐受呼吸机治疗，有部分合并阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的肥胖低通气综合征患者在经呼吸机治疗过程中，可出现夜间二氧化碳水平快速增高，其原因尚不完全清楚。阻塞性睡眠呼吸暂停不是存在于所有的肥胖低通气综合征患者中，部分没有合并OSAHS的肥胖低通气综合征患者使用呼吸机治疗并不能改善其呼吸性酸中毒。
2.药物治疗安宫黄体酮是治疗肥胖低通气综合征研究较多的药物，可以有助于兴奋呼吸，增加患者通气量，减少呼吸暂停的次数，但关于安宫黄体酮和其他药物对肥胖低通气综合征患者的治疗并未取得可信的结论。
3.减肥疗法减肥可以减轻肥胖所引起的代谢和心血管等方面的异常，肥胖低通气综合征患者也可以减少相关的呼吸异常、高碳酸血症和低氧血症，并能改善肺容积、呼吸肌功能、运动耐受性和气体交换水平，减少嗜睡、病死率，改善患者生活质量。控制饮食、锻炼、及胃成形术等减肥手段，对肥胖低通气综合征患者来说是重要的辅助治疗。